Bókhaldið hefur það hlutverk að sjá um móttöku og skráningu reikninga, bókhald, afstemmingar og uppgjör fyrir bæjarsjóð og stofnanir hans. Það hefur umsjón með rekstri bókhaldskerfis sveitarfélagsins, gerir virðisaukaskattsuppgjör, sér um ýmsa skýrslugerð og skil á upplýsingum til Hagstofu og opinberra stofnana. Auk þess aðstoð við notenda bókhaldskerfisins og fl.
Aðalbókari er Kristjana Hreiðarsdóttir, kristjanah@akureyri.is.