Stjórnkerfi Akureyrarbæjar er tvískipt.
Annarsvegar er pólitíska kerfið, þ.e. lýðræðislega kjörnir bæjarfulltrúar sem skipa bæjarstjórn og nefndir. Æðsti yfirmaður pólitíska kerfisins er forseti bæjarstjórnar. Bæjarráð fer með fjármálastjórn bæjarins en aðrar fastanefndir sem bæjarstjórn skipar, fjalla um afmarkaða málaflokka. Bæjarstjórn heldur að jafnaði fundi tvisvar í mánuði en bæjarráð fundar vikulega. Aðrar nefndir funda eftir þörfum.
Hins vegar er embættismannakerfið, þ.e. ráðnir stjórnendur bæjarfélagsins með bæjarstjóra sem æðsta yfirmann. Starfsemi Akureyrarbæjar er skipt í deildir og fyrirtæki eins og sjá má í skipuritinu hér að neðan.
