Stjórnkerfi Akureyrarbæjar er tvískipt eins og önnur opinber stjórnkerfi á Íslandi. Annars vegar er pólitíska kerfið,
bæjarstjórn sem lýðræðislega kjörnir bæjarfulltrúar skipa, og fastanefndir en í þeim sitja bæjarfulltrúar og aðrir
sem bæjarstjórn kýs. Æðsti yfirmaður pólitíska kerfisins er forseti bæjarstjórnar. Hins vegar er embættismannakerfið, þ.e.
ráðnir stjórnendur bæjarfélagsins með bæjarstjóra sem æðsta yfirmann.